As pessoas transexuais devem utilizar o banheiro correspondente ao gênero ao qual se identificam.
Se o usuário se identifica como mulher (ainda que ela não tenha feito cirurgia de mudança de sexo ou tenha algumas características masculinas), deve utilizar o banheiro feminino.
Os usuários transexuais, tais como todos os outros, devem seguir regras de comportamento e utilização da academia, inclusive no banheiro. Se houver descumprimento, você deve seguir o procedimento padrão (apurar se houve realmente o descumprimento e, caso positivo, advertir).